Специализированные ручные USB микроскопы, представленные в этом разделе, предназначены для специфических  исследований.

Микроскопы с поляризованным светом подсветки (поляризационные микроскопы) позволяют удалить или минимизировать блики от гладких поверхностей, улучшить цветопередачу. Данные микроскопы применяются для наблюдения объектов под водой, под стеклом, под пленкой. Используются для работы с печатными платами, монетами, кристаллами, в ювелирном деле.

Микроскопы с  ультрафиолетовой подсветкой (флуоресцентные микроскопы) могут использоваться  для определения подлинности документов, банкнот. Паспорта и банкноты почти всех стран мира имеют нити или защитные элементы, нанесенные специальной краской, которые светятся в ультрафиолете.  Этот тип микроскопов может использоваться в биологических исследованиях или криминалистической экспертизе, т.к.  так как в ультрафиолете светятся кровь, слюна и др.

Медицинские микроскопы применяются для исследования полости рта, осмотра горла, ушных раковин, кожи и т.п. Такие микроскопы используются в косметических салонах, медицинских учреждениях. Могут использоваться  в домашних условиях при личной гигиене.